Структура некрополя выглядит следующим образом. Вход на его территорию оформлен монументальной дарваза-ханой, у которой заканчивается дорога из Бухары, упоминаемая у средневековых авторов.

Порталы дарвазы и ханаки находятся на одной оси и расстояние между ними  155 м. В настоящее время дарваза оказалась за пределами некрополя в кольце современной жилой застройки. Некогда широкая парадная дорога (А) превратилась в узкую улицу, ведущую к центральной площади некрополя (В). Доминирующее положение на Чор-Бакре занимает главный архитектурный ансамбль, состоящий из зданий ханака, медресе и мечети, обращенных порталами на восток. Они стоят на высокой суфе (ок. 70 см), на краю которой находится небольшой минарет. Эти три здания организуют двор, замкнутый с трех сторон и открытый с востока, который переходит в прямоугольную в плане площадь (В).

С юга площадь ограничена хазирой (20), небольшими зданиями тахарат-ханы и мактаба (21, 22).

С востока вдоль площади расположены  фасады двух   хазира (18,   19).

Двор   перед монументальными зданиями и площадь (В) с севера ограничены рядом худжр (24) и оплывами некрополя;

В северо-восточном углу площади начинается небольшая улица (G), ведущая в северную часть Чор-Бакра. В планировке северной части некрополя, на первый взгляд довольно хаотичной, выделяются несколько организующих элементов. Улица (G) идущая в направлении север-юг длиной 74 м, которая расширяется в северной части, образуя небольшую площадь и вновь сужаясь, заканчивается узким тупиком. Вдоль восточной стороны улицы расположен ряд вплотную пристроенных друг к другу хазира (12, 13, 15, 17), вдоль западной - всхолмления некрополя и хазира (9). Примерно в средней части улицы (G) стоят две хазиры, построенные по принципу кош дарваза.

Это перекресток, Кош-дарваза оформляют улицу (D), идущую в широтном направлении.

Одна дарваза оформляет западный отрезок улицы длиной 66 м, подводящий к комплексу построек у "авлиё" (культовое место), основному на этом некрополе.

Вторая дарваза, относящаяся к хазире Ходжа Саада (13), оформляет восточный отрезок улицы длиной 32 м, ведущий ко второму по значению культовому месту.

На территории некрополя Чор-Бакр находятся более 30 архитектурных сооружений.

Ранняя история некрополя до недавнего времени оставалась неизвестной. К настоящему времени историко-археологическими исследованиями установлено, что площадь древней части некрополя, сформировавшегося к X-ХIII вв. составляла не более 1/10 нынешней

Древние захоронения расположены в северо-западной части некрополя, наибольшей плотности они достигают вблизи мазара Абу-Бакров, над их захоронением находится дахма из жженого и сырцового кирпича, огражденная кирпичной стеной (сейчас остатки этого мазара находятся на глубине 2 м и над ними сооружена более поздняя хазира (5). Очевидно, одновременно организуется и подход к нему с востока (улица D).

Интересно, что на некрополе Чор-Бакр не возводили мавзолеев, здесь получили распространение монументальные погребальные сооружения - хазира, архитектурный облик которых сложился к началу XVI в. Обобщенная характеристика хазиры как типа монументального погребального сооружения может быть сформулирована следующим образом. Это лишенная перекрытия, ориентированная по странам света постройка с погребальной частью, окруженная стенами и входом, оформленная дарвазой.

Самая ранняя и хорошо сохранившаяся хазира (нач. XVI в.) Чор-Бакра - двухъярусная (9). Верхний ярус представляет собой замкнутый двор с надгробиями, в его западной части расположена мощная михрабная ниша, к юго-восточному углу примыкает сводчатая дарваза. В нижнем ярусе, под двором находится входной коридор и три погребальные камеры.

Широкая строительная деятельность на некрополе Чор-Бакр начинается со второй половины XVI в. Еще при жизни Ходжи Ислама Джуйбари были возведены ханака, примыкавшее к ней с юга медресе и монументальная дарваза-хана, оформлявшая вход в некрополь. В это же время сооружается новая хазира (5) вокруг мазара Абу Бакров.
Ханака представляет собой монументальное архитектурное сооружение с главным входом с востока, оформленным мощным порталом с пятигранной нишей. В верхней части портала и по периметру входной ниши расположены мозаичные надписи, в одной из них содержится дата возведения памятника 1558-1563 гг. Крестовидный зал ханаки перекрыт куполом на мощных подпружных арках. В его западной стене устроен михраб, в северной и южной - еще по одному входу.
 

Медресе было пристроено к северо-западному углу ханаки. Это не "типовое" здание, а его четвертая часть, состоящая из 8 худжр. Хазира Абу Бакров в северной части повторяет контур стен зданий, существовавших здесь в ХI-ХV вв. и значительно расширена к западу, востоку и югу. В южной стене устроен оформленный порталом вход, в западной стене находится большой михраб. В первоначальном виде портал дарвазы и михрабная ниша были богато декорированы мозаикой и майоликой. Большая мозаичная надпись проходила по периметру стен михрабной ниши, буквы арабской вязи были покрыты позолотой. В XVII веке, во время одного из ремонтов, расколовшаяся надпись была заменена плитками майолики, несущими растительный орнамент, от них сейчас остались небольшие фрагменты. В хазире, занятой кирпичными надгробиями, несколько особняком слева от входа стоят две саганы, которые отмечают место захоронения Абу Бакров. Но погребения Ходжи Ислама Джуйбари, которое, согласно Хафиз-и Танышу должно располагаться рядом - не обнаружено. Его похоронили, очевидно, в ногах Абу Бакров, где действительно отмечено захоронение.
Двор хазиры зарос раскидистыми чолонами. По преданию их колючие ветви разрывали на части врагов семьи Джуйбаридов.
 

После смерти Ходжи Ислама строительство на некрополе продолжил его старший сын Ходжа Саад, к которому перешли все привилегии отца. Но его строительная деятельность ограничилась лишь возведением хазиры (13), от которой остался изящный входной портал с южным крылом и дахма - место его последнего упокоения и, по преданию, как будто, закладкой к югу от ханаки мечети, которую он не успел завершить из-за смерти, последовавшей в 1589 г., хотя это археологически не подтверждено.
Дахма - место погребения Ходжи Саада - со временем стала вторым по значению местом поклонения на Чор-Бакре. Причем, произошла путаница с именами. Ходжа Саада назвали по имени его предка Абу Бакра Саада и на это авлиё указывают как на место погребения последнего. Дахма со временем совершенно исчезла под поздними пристройками и захоронениями. Во время археологических работ выяснилось, что это кирпичный параллелепипед площадью около 100 м2, высотой 1,6 м, с лестницей на верхнюю площадку. Толщина стен дахмы около метра, снаружи она была облицована шлифованным кирпичом. Образованное стенами пространство засыпалось чистым грунтом, в котором устаивались погребальные камеры. Вокруг дахмы проходила изящная выстилка из жженого кирпича "в елочку".

Все архитектурные памятники Чор-Бакра XVI века объединяются рядом признаков. У них единый формат жженого кирпича, связующий раствор - глина, конструкции фундаментов с применением деревянных брусьев. В кладке арок, куполов, сводов употреблялся ганч. Стены облицовывались шлифованным  кирпичом,  а в  декоративном оформлении использовалась мозаика.

На рубеже XVI-ХVII вв. Тадж ад-Дин Джуйбари (сын Ходжи Саада) возведением мечети завершает создание главного архитектурного ансамбля Чор-Бакра. При этом было разобрано медресе и на отчасти реконструированных фундаментах сооружено новое соответствующее по стилю здание. Мечеть имеет монументальный портал с пятигранной входной нишей, прямоугольный зал перекрыт уникальной системой пересекающихся арок. В западной стене зала устроен михраб, в северной и южной - симметричные дверные проемы.

Портал медресе по замыслу зодчего должен был зрительно объединить порталы ханаки и медресе. Но не были  учтены  колоссальные нагрузки на слабый реконструированный фундамент. Возможно, деформации медресе, его отрыв от основной массы сооружения произошел вскоре после завершения строительства. Поэтому  он  так и  остался не декорированным.

В XVII в. возведением четырех хазира (11, 12, 14, 15) завершается формирование улицы (G). Все они однотипны: подняты почти на двухметровых платформах, входы двух хазира оформлены порталами, а в две другие устроены через хазиру (13). Хазира имеют от 2-х до 3-х подсобных помещений, погребальную часть, занятую дахмами. В них похоронены женщины из рода Джуйбарских ходжей. Самая ранняя из них (12) возведена женой Ходжи Саада - Мох Султаним в непосредственной близости от места погребения мужа. При этом было разобрано северное крыло хазиры (13) и часть фигурной отмостки у дахмы Ходжи Саада. Мох Султаним умерла в 1619 г. Ее обрядили в богатый саван, состоящий из нескольких кусков драгоценной парчи, и похоронили в погребальной камере, находящейся под полом ею отстроенной хазиры. Над могилой, возвели богатую дахму, облицованную мрамором с мраморной же балюстрадой по периметру. На дахме установили мраморное надгробие, покрытое тонкой резьбой и мраморную чираг-хану, представляющую собой миниатюрную копию мавзолея. Подобным образом оформлены все погребения в этих хазира.

Одновременно или несколько позже была возведена хазира (11), в которой первой была погребена ханская дочь Джани-ханым, умершая в 1608 г. Она была женой сперва Абди-ходжи, а после его смерти стала женой его брата Абди-Рахима (сыновья Ходжи Саада). Во второй половине XVII в. сооружается хазира (14), при этом разбирается южная стена хазиры (13). Затем к ней вплотную пристраивается хазира (15).

Самое раннее надгробие в этой хазире принадлежит Халиме Султаним - дочери Тадж ад-Дина Джуйбари, умершей в 1680 г.

Все постройки конца XVI- начала XVII вв. выполнены на более высоком уровне строительной техники. Учтено высокое стояние минерализованных грунтовых вод, большая просадочность грунтов. Платформы хазира, цокольные части мечети и реконструированного медресе облицованы известняковыми плитами на ганче, и проложены одним-двумя рядами противосолевых тростниковых прокладок. Большое внимание уделено фундаментам. Они опущены на сравнительно небольшую глубину, но сложёны на водостойком кыровом растворе, им же они и отштукатурены.

В первой половине XVIII в. отмечается ощутимый упадок строительной деятельности на Чор-Бакре. В этот период была возведена лишь хазира на северо-восточной окраине некрополя (16). Это простой прямоугольник стен со входом, отмеченным невзрачной дарвазой. В дахмах, облицованных мрамором похоронены женщины из рода шейхов Джуйбари.

В конце XVIII- начале XIX  вв. отмечается новый подъем строительной деятельности на некрополе Чор-Бакр. Обстраивается площадь некрополя (В). Первой возводится хазира (18) напротив главного ансамбля   Чор-Бакра, приподнятая на метровой платформе.

Единственное "читаемое" мраморное надгробие в ней посвящено Вахиде Бану Султаним, умершей в 1818 г. Второй сооружается хазира (20), замыкающая площадь с юга. При ее возведении была занята часть кухни.

В середине XIX в. сооружается хазира (19), которая сбивает ось памятников XVI в. (дарваза-ханака) и смещает к северу улицу (А). В единственной дахме, судя по надписи, похоронена дочь Ходжи Хамида Джуйбари - Ай-ханум Падиша, умершая в 1862 г. Во второй половине XIX в. возводится последняя монументальная хазира некрополя (17). Она "втиснута" в узкое пространство между хазира (15) и (18), план ее деформирован.

Хазира конца ХVIII-ХIХ. вв. значительно отличаются от хазира XVII в. Они имеют развитые фасады, входы, подчеркнутые порталами и худжры, устроенные в крыльях портала. В погребальной части расположены айваны, иногда с выделенной михрабной нишей. Хазира сооружались из жженого кирпича с рядом  противосолевых тростниковых прокладок по периметру стен. Фасады стен облицованы жженым кирпичом. Погребальные части хазира XIX в. заполнены захоронениями в сагана и, гораздо реже, в дахмах. Дахмы все реже облицовываются мрамором, чаще известняком и кирпичом. Изменяется их размер. Мраморные надгробия редки, их форма, приемы оформления, надписи свидетельствуют о резкой деградации резьбы по мрамору.

В хазирах XIX в. хоронят всех членов семьи, независимо от пола. На рубеже XIX - начала XX вв. в хазире (16) возводится небольшая поминальная мечеть (ныне разобранная) и минарет перед главным ансамблем некрополя. За стенами ранее построенных хазира пристраиваются новые, состоящие из простых ограждений.

Таким образом, на некрополе Чор-Бакр отражена жизнь рода шейхов Джуйбари, помимо этого он дает наглядную картину почти четырехсотлетней эволюции памятников архитектуры и почти тысячелетнюю - погребальных сооружений.
В разное время и разными мастерами создавались архитектурные памятники Чор-Бакра, но ныне он представляется цельным ансамблем единым в своей архитектурно-планировочной основе.